L'établissement actuel du CNSMD de Lyon est situé au nord du quartier du Vieux Lyon, quai Chauveau, dans le 9e arrondissement de Lyon. Ces bâtiments historiques abritèrent initialement une communauté religieuse, le Couvent des Dames de Sainte-Élisabeth (XVIIe siècle), puis, après la Révolution, ils devinrent l'enceinte de l'Ecole Vétérinaire de Lyon[2]. L'actuel agencement des locaux et des bâtiments est dû à l’architecte Chabrol (milieu du XIXe siècle). Enfin, en 1988, ils furent rénovés et agrandis pour accueillir le CNSMD de Lyon.